尿结核杆菌检查是诊断肾结核的关键。在停用抗结核菌药物一周后的清晨，留取第一次新鲜尿送检。应注意清洁阴部，并连续检查三次以上。常用方法有尿沉渣越境涂片后抗酸染色油锏上观察，抗酸杆菌阳性率约为50%～70%，但抗酸杆菌阳性，不是诊断的唯一证据，应排除包皮垢杆菌、枯草杆菌等抗酸杆菌和污染。目前对结核杆菌是特异和敏感的方法是结核菌DNA检测。排除标本污染和操作误差后，只要扩增出245bp结核菌特异的DNA片段，即可作为诊断依据。当然尿结核杆菌培养最有诊断价值，只是阳性率低，耗时长，约4～8周。若是耐药结核菌，则更不易培养。